，经过很多年的慢慢修复，海兽号终于修复成功，但是问题依然是存在的，零号并没有放弃对基地的控制，要不是首席对零号的压制，这个基地还是会被零号给控制，而那些新生产出来的守卫，仍然有可能会反叛。首席很沮丧地说道：“我们一开始就想错了，不管是什么生命类型，只要有智慧存在，就一定是没办法控制的，本来我们希望研究整个灵界的运转，没想到，我们连自己的基地都控制不住，自己的家都管理不好，就算给你一个世界又能如何。”

首席进入中枢系统后，从此就困在里面，无法走出来，外界就靠舰长一人进行处理，这么多年下来，妖精就跟销声匿迹了一样，一直也没有妖精找上门来。由于妖精自身的缺陷，舰长感觉到自己已经压制不住自身的能量，于是舰长只能留下天神号的信息后，将自身封闭在房门中，把这个秘密牢牢守护了起来。郝运听后，是唏嘘不已，妖精并不是永生的生灵，他们也同样要面临生死离别，只是这位首席，为什么可以生存这么久？难道是因为与基地融合的原因吗？

首席为了防止零号脱困，知道自己一旦死亡，这个基地肯定会被零号占领，因此在不得已的情况下，做出了大胆的抉择，就是将自身与基地融合。可是这个融合的过程非常缓慢，直到现在，基地中还有很多地方，他也不能完全控制，不然也不会让郝运他们这些外来者长驱直入，把基地给闹翻了天。

自从基地修复完毕后，基地的控制权上，首席与零号一直都在博弈中。本来基地一直都藏身于海底，如果一直保持这样的运转方式，不会有人能够发现这个基地的。直到有一天，首席发现，基地与海龙号的双向传送阵，有了被激活的迹象，然后就出现了外来者，可惜这些外来者并不是妖精，